近年來，使用健康大型資料庫之研究日俱增加，為了「保障個人健康隱私，促進健康資訊共享，減少資源重複投入」，因此衛生福利部於2009年成立「健康資料加值應用協作中心」，而後更名為「衛生福利資料科學中心」，本校繼陽明研究分中心後的第八個研究分中心，也是東部地區第一個研究分中心。
慈濟分中心提供申請之資料庫種類眾多，例如：健保資料庫、死因統計檔、原住民出生檔及死亡檔、癌症登記檔、國民健康訪問調查檔及罕見疾病通報資料庫等，對使用健康資料庫進行分析的研究者有極大助益，運用個別健康資料予以加值以促進醫藥相關學術研究，並結合慈濟志業體(慈濟大學、慈濟技術學院、慈濟醫院等)、東部大專院校及醫療院所等學術研究人才及資源，藉以提昇東部學術能量及服務產官學界。